Phòng Giải phẫu bệnh là cơ sở làm các xét nghiệm sinh thiết, tế bào học, khám nghiệm tử thi theo yêu cầu của lâm sàng, đặt dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Ban Giám đốc bệnh viện và chịu trách nhiệm trước Ban Giám đốc về tổ chức thực hiện các  hoạt động tại khoa.

Nhiệm vụ:

- Phòng Giải phẫu bệnh:

• Nhận, cắt  lọc bệnh phẩm.
• Nhuộm tiêu bản.
• Đọc các tiêu bản Giải phẫu bệnh.
• Hội chẩn khi có các trường hợp khó với Trường Đại học Y Dược, Trung tâm Ung Bướu.
• Lưu các kết quả vào máy vi tính và sổ.
• Lưu trữ những tiêu bản, bệnh phẩm điển hình phục vụ công tác giảng dạy,

- Phòng Tế bào:

• Phát hiện sớm ung thư cổ tử cung trên phiến phết tế bào âm đạo.
• Nhận bệnh phẩm, nhuộm tiêu bản phiến phết tế bào âm đạo.
• Đọc sàng lọc.
• Kiểm tra những trường hợp bất thường để chuyển cho Bác sĩ lâm sàng hội chẩn.
• Lưu kết quả vào sổ.
• Lưu trữ lame bất thường, lame viêm để phục vụ cho nghiên cứu khoa học và giảng dạy  lớp Tế bào âm đạo và lớp Soi cổ tử cung.
• Đi công tác ngoại viện theo yêu cầu của bệnh viện.